Некоторые ученые основным считают влияние резидуально-органического фактора (последствия патологии беременности, родов, черепно-мозговых травм и инфекций). Другие относят аутизм к группе детской шизофрении. Есть также мнение, что аутизм возникает в результате врожденной дисфункции мозга; наследственно обусловленного недоразвития ощущений, или же это следствие недоразвития нейронных структур, необходимых для переработки информации.
Возможно, важную роль играет некоторая врожденная эмоциональная хрупкость, плохая переносимость фрустраций, низкий порог возникновения тревоги. В этом случае, в результате воздействия каких-то неблагоприятных внешних факторов, в том числе недостаточности эмоционального контакта с материю (в результате ее депрессии, тяжелых травматичных переживаний) ребенок как бы закрывается от внешнего мира, который он воспринимает как травмирующий, ранящий. В своем «коконе» ребенок чувствует себя в большей безопасности. В итоге, с самого рождения формируется определенная личностная структура, основанная на тотальной защите, аутизме, что нарушает весь процесс последующего психологического, интеллектуального, эмоционального развития в большей или меньшей степени, но примерно одинаковым образом.